各級醫院的收費標準差不多，但有些要繳二％房屋稅，有些卻不用，還因此衍生不少稅務爭訟。財政部決定檢討相關規定，建立統一標準，研議未來要適用「慈善救濟事業」免房屋稅規定的醫院，必須具備收入大部分來自捐贈，以義診為主等條件，才可享有免稅優惠，估計每年稅收可增加超過一億元。
一般財團法人醫院屬非住家、非營業用途，要課一.五％至二％的房屋稅，馬偕、耕莘等由宗教團體成立的醫院免徵房屋稅；但同樣是宗教團體成立的慈濟醫院、恩主公醫院，卻被地方稅捐機關要求繳房屋稅，標準不一，長久以來爭議頗多，有不少案件還在行政救濟中。
稅務人員指出，在全民健保尚未實施前，很多民眾都有「沒錢看病」的問題，許多由內政部主管的宗教團體，基於大愛利用善款興辦附設醫院，以義診來幫貧困民眾。因此，政府給予這些宗教團體附設醫院免房屋稅優惠。
在醫療法實施、醫院改歸衛生署管理後，行政部門仍給予免稅優惠。而慈濟、恩主公等醫院則是在醫療法訂定後才成立。
稅務人員指出，因時空環境變遷、全民健保實施，很多宗教團體附設醫院的慈善色彩已淡，收費服務都與一般同級醫院無異。管理慈善單位的內政部與管理醫療院所的衛生署，也無明確定義，什麼醫院是屬於「不以營利為目的之慈善救濟事業」，造成地方稅務單位執行上的困難。
